平成26年冬季特別展 近江三都物語 -大津宮・紫香楽宮・保良宮-
図録 特別展 信長×信玄 戦国のうねりの中で (開館20周年記念)
しのぎをけづり、鍔をわり -近江の城、信長とかく戦えり- 平成25年春季特別展
水中考古学の世界 びわこ湖底の遺跡を掘る 第38回企画展図録
図録 特別展 蒲生氏郷 戦国を駆け抜けた武将 (蒲生氏郷生誕450年記念)
図録 特別展 戦国の城 安土城への道 (特別史跡安土城跡発掘調査20周年記念)
琵琶湖と中世の人々 信長以前・信長以後 平成10年度秋季特別展
楽浪海中に倭人有り : 二千年前の日本列島 : 平成十二年度春季特別展
韓国より渡り来て : 古代国家の形成と渡来人 : 平成十三年度春季特別展
共に一女子を立て 卑弥呼政権の成立 開館10周年記念展・平成14年度春季特別展
是非に及ばず : 本能寺の変を考える : 平成13年度秋季特別展
日は人作り、夜は神作る : 前方後円墳の出現と展開 : 平成十六年度春季特別展
信長と宗教勢力 保護・弾圧そして支配へ 平成15年度秋季特別展
信長の城・秀吉の城 : 織豊系城郭の成立と展開 : 平成18年度秋季特別展
[図録]日継知らす可き王無し : 継体大王の出現 : 平成15年度春季特別展
ムラの変貌 : 稲作と弥生文化 : 証される農耕集落 : 平成10年度春季特別展
導水施設と埴輪群像から見えてくるもの 古墳時代の王権とまつり
図録 特別展 大型建物から見えてくるもの 弥生時代のまつりと社会 (第1回滋賀・大阪博物館連携企画「弥生建物を探る」)
(平成10年度 秋季特別展)琵琶湖と中世の人々 信長以前・信長以後
近江源氏と沙沙貴神社 近江守護佐々木一族の系譜 開館10周年記念展・平成14年度秋季特別展
大信楽焼展 : Oh! shigaraki : 出土資料を中心に : 第37回企画展
青銅の鐸と武器 : 近江の弥生時代とその周辺 : 開館25周年記念 : 平成29年秋季特別展
湖 (うみ) を見つめた王 : 継体大王と琵琶湖 : 平成24年度春季特別展